Если вы хотите программку, организованную по типу нашего сайта, ищите в интернете single-pane outliner. Например, в википедии хороший список: http://en.wikipedia.org/wiki/Outliner#Desktop_outliners -- для хранения записей на компьютере (смотрите только single-pane outliner) http://en.wikipedia.org/wiki/Outliner#Online_outliners -- для хранения записей в интернете
Один из вариантов структурированного блокнота для хранения данных на компьютере http://uvoutliner.com
Если вас в целом интересуют структурированное хранение записей, но по типу гипертекстовых ссылок, рекомендуем http://wikidpad.sourceforge.net/ Это персональная wiki. Создаёте прямо в тексте ссылки на новую страницу, и получаете таким образом связанные документы, при этом всё хранится в одной программе.