Низкая производительность в сравнении с C++ (но здесь существует целый ряд "но", о которых мы будем говорить)
Решением является вынос основных тяжёлых вычислений в специальные библиотеки, в свою очередь написанных на C++ или т.п. (см. векторизация). Правда и в этом случае останутся проблемы связанные со "сборщиком мусора". Но можно добиться разумного компромисса между простотой кода и производительностью. После того, как система построена и отлажена на Python, если производительность всё же недостаточна, можно переводить код на C++.